Ипатовский ГО расположен на границе северо-восточных склонов ставропольской возвышенности и юго-западной части Маныческой низменности. На севере район граничит с Республикой Калмыкией, на юге с Петровским, на юго-западе с Труновским, на западе с Красногвардейским, на северо-востоке и востоке с Апанасенковским, и на юго-востоке с Туркменским районами.

Территория района протягивается с севера на юг - 67 км, а с запада на восток - на 112 км. Район я вляется одним из самых больших в Ставропольском крае, площадь равна 4039 км. кв.

Речная сеть в Ипатовском ГО развита слабо. Наиболее значительными являются р. Калаус с притоком Айгурка, относящаяся к бесточному бссейну Каспийского озера-моря, и р. Большая Кугульта (правый приток р. Егорлык), относящаяся к бассейну Азовского моря. Малые реки - Кевсала, Айгурка, Джалга и Дунда. Имеется два лимана, Дундинское водохранилище и большое количество прудов.